Po prvý raz sa dozvedáme o existencii Šoporne zo zakladacej listiny premonštrátskeho kláštora v Turci v Kláštore pod Znievom z roku 1251, kde sa spomína ako jeden z metačných (hraničných) bodov so Šaľou darovaným majetkom novozaloženému kláštoru. Listina je písaná po latinsky a časť dotýkajúca sa Šoporne doslovne znie: „… conterminatur cum terra ville Own hospitum de Posonie iuxta fluvium Vag, exinde protenditur et descendit cum terra abbatis sancti Martini usque ad palacium et ibi per Vag ascendit ad aquilonem ad terram ville Supurni…“; v preklade: „… hraničí s územím opáta svätého Martina (kláštor v Pannonhalme) až k palácu a tam cez Váh vystupuje na sever k územiu (chotáru) dediny Šoporňa…“ Listina sa nachádza v archívnych zbierkach v Budapešti pod č. D1-346. Bola publikovaná v edícii „Hazai oklevéltar“. Šoporňa je tu teda uvádzaná pod názvom Supurni ako súčasť šintavského panstva. V Šintave bol v tých časoch hrad pri Váhu a samotná Šintava bola sídlom menšieho pohraničného županstva.
V spojitosti so Šintavou sa stretávame ešte so staršou správou o existencii Šoporne ako súčasti panstva šintavského hradu z roku 1231. Uvádza to maďarská publikácia Naše hrady. Táto správa však nie je doložená objektívnym historickým materiálom. Od tohto letopočtu sa odvíjali oslavy 733. výročia prvej zmienky o Šoporni, ktoré sa na podnet obecného kronikára Alexandra Grilla uskutočnili v roku 1964. Ďalší doklad so zmienkou o Šoporni pochádza z roku 1411, kde obec nesie názov Soporny a z roku 1420 ako Sopornok. Aj názvy z ďalších rokov sú latinského, nemeckého či maďarského pôvodu.
O národnostnom zložení obyvateľstva v tejto dobe niet hodnoverných dokladov. Nie je overená interpretácia ľudového podania, že základ obce tvorili šopy, kde sa utiekali cestujúci od Nových Zámkov smerom na Šintavu za noci, keď už brány na šintavskom hrade boli zatvorené a nedalo sa ďalej pokračovať v ceste cez Váh smerom na Trnavu. Bolo tu možné prespať a ustajniť kone. Podľa tejto verzie mohlo ísť o nejaké stredoveké zájazdné hostince. Ďalšia verzia tvrdí, že pôvodní obyvatelia boli pastieri a do šôp zaháňali statok (či ovce) na noc. Významný slovenský jazykovedec prof. PhDr. Ján Stanislav nepredpokladal, že názov Šoporne je odvodený od slova šopa, ako sa traduje. Viedol ho k tomu nejasný koreň slova v názve (Sup-urni), v ktorom sa nevyskytuje základ šop. Nie je ani vylúčené, že názov obce pochádza od mnohých lúk bohatých na sanitru, t. j. slaný prášok(z maďarčiny šó = soľ, por = prach). Podobného pôvodu môže byť aj vznik pomenovania chotárnej časti Šóšlap (Slaný močiar).
O histórii starej Šoporne hovorí záznam v archíve ostrihomského arcibiskupstva z roku 1893: „Veľká obec Šoporňa je veľmi starého pôvodu. Pravdepodobne jestvovala už vtedy, keď Maďari prišli na toto územie. Starý názov obce bol Šopárňa. Je zaujímavé, že v pozemkovej knihe sa nachádzajú mená čiastok maďarského pomenovania. Z toho sa dá usudzovať, že kedysi hovorili obyvatelia Šoporne materinskou rečou maďarčinou. Pravdepodobne v priebehu reformácie Maďari odišli a územie osídlili terajší, po slovensky hovoriaci občania…“
Táto verzia výmeny obyvateľstva nie je vierohodná. Pokiaľ ide o jej východisko z pomenovania častí chotára, môže ísť o názvy určované zemepánmi. Tí boli Maďari. Alebo ich pomaďarčili zo slovenských názvov maďarskí úradníci. Určiť pôvod mnohých slov je dnes veľmi ťažké, pretože jazyky susedných národov sa navzájom prelínali a pri tvorbe nových slov ovplyvňovali. Takým slovom je napr. aj šopa, v maďarčine sopa (foneticky šopa) a v nemčine Schuppen (fon. šupen) a z neho možná odvodenina Šopárňa — Šoporňa. Skutočnosťou je aj to, že v starých spisoch sa uvádzajú aj slovenské pomenovania častí chotára ako Horný diel, Kopanice a pod. Podľa najnovších výskumov slovenských historikov v podrobných popisoch hraníc chotárov z 13. a 14. storočia sa vyskytuje veľké množstvo osobných mien a miestnych názvov, z ktorých vyplýva, že slovenské etnikum, práve naopak, siahalo južnejšie než na konci 19. storočia alebo dnes. Až v čase tureckých nájazdov pôvodné slovenské obyvateľstvo sa sčasti sťahuje do bezpečnejších vyšších podhorských oblastí a na južné Slovensko sa presúva maďarské etnikum z Podunajskej nížiny a vytvára tu enklávu v pôvodnom slovenskom obyvateľstve.
V čase prvej písomnej správy o existencii Šoporne, t. j. v roku 1251, vládol v Uhorsku kráľ Béla IV. Za jeho vlády vtrhli do Uhorska Tatári. Vojsko, ktoré sa pod vedením kráľa postavilo na odpor, porazili na rieke Slanej. Kráľ Béla IV. sa s malou družinou zachránil a ušiel cez Gemer do Nitry, odkiaľ s posilneným sprievodom odišiel do Viedne. Možno aj cestou popri Šoporni. Obec bola v tom časenapojená na európske cesty. Nesporne tadiaľto viedla najdôležitejšia diaľková česko-uhorská cesta z Podunajska cez Malé Karpaty na Moravu. Táto cesta bola známa ešte z čias Veľkej Moravy, spájala moravské Mikulčice s Nitrou. Česko-uhorská cesta vstupovala na Slovensko pri Holíči, pokračovala na Šaštín, Bukovú, Trnavu, Šintavu (kde sa prechádzalo cez Váh), Šoporňu, Nové Zámky, Ostrihom a Budín. Jej zvyškom je dnes už poľná cesta, oddeľujúca chotárnu časť Novčaš od Honov, ktorú oddávna ľudianazývajú Novozámskou cestou.
Môžeme si len domýšľať, ako v tom čase obec vyzerala, pretože vzhľadom na používaný materiál pri stavbe domov sa usadlosti nezachovali. Zrejme išlo o jednoduché dedinské domce z prútia, ohodené blatom alebo steny z hlinenej nabíjanice so slamenou strechou, možno aj čiastočne zapustené do zeme. Pri príbytkoch bývali obilné zásobníkové jamy (v šopornianskom nárečí zbožné jamy). V nich obyvatelia uskladňovali nielen obilie, ale aj potraviny. Tento spôsob uskladňovania podľa archeologických nálezov využívali už v období Veľkej Moravy a uchoval sa až do začiatku dvadsiateho storočia. Pozostatky po zbožných jamách sa občas objavujú v rozličných častiach obce dodnes.
Už v stredoveku patrila obec teritoriálne pod šintavské županstvo. Pôvodne to bol kráľovský majetok, ktorý od polovice 13. storočia spravovali župani, sídliaci na šintavskom hrade. Šintava sa významne zapísala do stredovekých slovenských dejín. Koncom 13. storočia župnú správnu organizáciu nahradilo stoličné zriadenie. Šintavské županstvo sa stalo súčasťou nitrianskej stolice, ale v rámci vytvárania menších územných celkov si udržalo postavenie osobitného panstva — domínia.
Od začiatku 14. storočia rozsiahly majetok šintavského panstva spolu so Šoporňou dával kráľ do užívania rôznym veľmožom. Súčasne sa niektoré časti dostávali jednotlivým správcovským rodom nielen do užívania, ale aj do priameho vlastníctva. Tak sa tu vystriedal nemecký šľachtic Linpold, syn Matúša Čáka Trenčianskeho magister Peter, Červený Abrahám, poľský šľachtic Mostic, pezinský gróf Juraj, rodina Rozgoňovcov, Bátoriovcov a Turzovcov. Začiatkom 17. storočia sa ako majiteľ šintavského hradu uvádzal Stanislav Turzo. Rozsiahle šintavské panstvo sa postupne zmenšovalo. Jeho rozloha bola aj tak úctyhodná. Veď sem patrili mestečká: Sereď, Šintava, Senec, Čeklís, obce Vlčkovce, Šoporňa, Veľký Šúr, Varov Šúr, Takšoň, Križovany, Abrahám, Veľká Mača, Pata, Čierna Voda, Tomášikovo, Jahodná, Vozokany, Čierny Brod, Trstice, Pusté Sady, Majcichov, Palovce, Horný Jatov a diel v Šóku, dnes súčasť Selíc.
V ďalších rokoch 17. storočia sa šintavské panstvo stalo majetkom rodiny Esterháziovcov a v rámci nej sa neskoršie stalo vlastníctvom mladšej vetvy reprezentovanej Františkom Esterházim (1641-1685). Jej seniorátnym sídlom bol hrad a panstvo Pápa v Maďarsku, kam do roku 1762 patrilo administratívne. V roku 1762 sa uskutočnila nová majetková deľba, teraz už v rámci mladšej vetvy. Majetky, ktoré vlastnil až do svojej smrti František Esterházi (za jeho života bol v roku 1711 prebudovaný šintavský hrad na súčasný kaštieľ), sa rozdelili medzi jeho troch synov: Mikuláša, Karola a Františka ml. Šintavské panstvo spolu so Šoporňou pripadlo Františkovi ml. Ten sa stal zakladateľom čeklískej vetvy rodu.
Začiatkom 18. storočia obec sužovali epidémie a nemala ani 40 usadlostí. V nasledujúcich rokoch sa dynamicky rozvíjala a koncom storočia dosiahla už takmer 300 domov a 2000 obyvateľov. Z obdobia 18. storočia sa zachovalo niekoľko písomných dokumentov o vzťahu panstva k tunajšiemu ľudu.
Správy o Šoporni z obdobia 16.-18. storočia súvisia najmä s náboženskou tematikou a sú spojené s reformáciou, s prenikaním rozličných reformačných úsilí na naše územie, následnou protireformáciou a vznikom terajšieho kostola.
Zachované správy z 18. a 19. storočia sú zamerané na rozvoj školstva a pohromy súvisiace s povodňovou činnosťou Váhu. Ľud v obci sa zamestnával výlučne poľnohospodárstvom. Na skutočnosti, že v Šopornivšetka pôda patrila zemepánovi, nič nemení ani správa, že roľníkom daroval zemepán určité pozemky. V ústnom ľudovom podaní sa zachovala s tým súvisiaca historka. Podľa nej získala časť obyvateľov Šoporne vyslobodenie z poddanstva ešte pred jeho zrušením. Šintavský zemepán Esterházi sa vraj pohádal pri kartách so šalianskym zemepánom. Spor sa vystupňoval až do nenávisti a šaliansky zemepán sa vyhrážal šintavskému bitkou, ak vkročí na jeho územie. Po čase sa na spor a vyhrážky šalianskeho zemepána zabudlo a šintavský zemepán sa zatúlal na svojom štvorzáprahu do Šale. Drábi šalianskeho zemepána to ihneď zistili a oznámili pánovi. Ten nelenil a nariadil nepriateľa prenasledovať. Šintavskému zemepánovi neostávalo nič iné, len štvorzáprah obrátiť a cválať domov. Cestou sa však kone vyčerpali. Preto mu prišlo vhod, že na Novčašoch poddaní práve zberali kukuricu a kone mali uviazané o vozy. Poprosil ich, aby mu kone vymenili, lebo má v pätách drábov šalianskeho zemepána. Sľúbil im ako odmenu toľko chotára, koľko za jeden deň pešo obídu. To sa im zapáčilo. Prepriahli a zemepán sa šťastlivo dostal domov. Na druhý deň skutočne poslal správcu a spolu s dvoma Šoporňanmi vykonali obchôdzku a získaný majetok rozdelili na 49 rovnakých častí pre oslobodených obyvateľov. Ďalších 69 rodín zostalo v poddanstve. Nie je však historicky overená ani hodnovernosť ani čas tohto aktu. Isté je, že v roku 1755 vlastnili alebo boli užívateľmi pôdy aj niektorí obyvatelia Šoporne. Vyplýva to z vizitácie náboženskej obce v tomto roku, kde sa pri kostolných a farských pozemkoch uvádzajú aj miestni majitelia susedných pozemkov.